NABP2：肝細胞癌表達的潛在生物標志物及其與臨床病理與免疫浸潤的關(guān)聯(lián)

摘要：本研究通過qPCR分析發(fā)現(xiàn)，與正常肝細胞LO2相比，肝細胞癌（HCC）細胞中NABP2的表達水平顯著升高。進一步的數(shù)據(jù)庫分析證實，NABP2蛋白在HCC中的表達上調(diào)，并與HCC患者的臨床病理特征密切相關(guān)。此外，NABP2的表達還與多個免疫細胞標志物（包括STAT6、STAT5A、STAT4、LAG3、CTLA4、CD8A、CD8B和KIR2DL4）呈現(xiàn)相關(guān)性。綜合這些發(fā)現(xiàn)，我們揭示了NABP2與HCC預(yù)后及免疫浸潤的潛在聯(lián)系，暗示NABP2可作為HCC診斷和預(yù)后的潛在生物標志物。本研究為深入理解HCC的分子機制及開發(fā)新的診療策略提供了重要的科學(xué)依據(jù)。
　　關(guān)鍵詞：肝細胞癌；免疫浸潤；NABP2
　　一、引言
　　肝細胞癌（HCC）是肝臟常見惡性腫瘤，發(fā)病率高、預(yù)后差，3年生存率低，中位生存時間短。手術(shù)切除加化療雖是早期HCC有效治療策略，但易轉(zhuǎn)移致手術(shù)復(fù)雜風(fēng)險高。近年研究顯示免疫浸潤對HCC治療及預(yù)后影響大，需探索新免疫相關(guān)治療靶點。單鏈DNA結(jié)合蛋白在細胞代謝中關(guān)鍵，新發(fā)現(xiàn)的NABP2對維持基因組穩(wěn)定重要。不過，NABP2在HCC中的表達及作用不明，本研究分析了相關(guān)數(shù)據(jù)庫，揭示了其對HCC預(yù)后的影響及與免疫微環(huán)境的潛在聯(lián)系。
　　二、材料與方法
　?。ㄒ唬┘毎囵B(yǎng)和qPCR分析
　　LO2、HUH7、Hepg2、LM3、97L和Hep2.215細胞培養(yǎng)于含10% FBS的DMEM培養(yǎng)基中，37℃，5% CO2。
　　（二）NABP2mRNA和蛋白水平的變化
　　從以上細胞中提取總RNA，然后使用qPCR檢測HCC細胞中NAPB2的mRNA水平。與此同時，利用人蛋白圖譜（Human Protein Atlas，HPA）數(shù)據(jù)庫（https://www.proteinatlas.org）中的IHC分析NABP2蛋白在HCC中的表達水平。利用臨床蛋白質(zhì)組學(xué)腫瘤分析協(xié)會（CPTAC）蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫（https://cptac-data-portal.georgetown.edu/cptacPublic）中的NABP2蛋白水平。
　　（三）TCGA和ICGC數(shù)據(jù)庫分析
　　我們利用TCGA和ICGC數(shù)據(jù)庫評估NABP2mRNA表達與HCC患者臨床病理特征的相關(guān)性。
　　（四）NABP2表達與免疫細胞的相關(guān)性
　　利用TIMER和基因表達譜交互分析（GE-PIA）數(shù)據(jù)庫分析NABP2與免疫標記基因表達的相關(guān)性。
　  （五）統(tǒng)計分析
　　數(shù)據(jù)來自TCGA，均按R-3.6.1確定。采用limma和vioplot包分析NABP2在TCGA、ICGC和CPTAC組中的不同表達水平。采用Kaplan-Meier繪圖儀對ICGC樣本進行生存分析。通過Spearman相關(guān)分析，在GEPIA數(shù)據(jù)庫和TIMER中評估NABP2基因表達的相關(guān)性。
　  三、結(jié)果
　?。ㄒ唬㎞ABP2mRN和蛋白水平的表達
　　采用qPCR技術(shù)檢測NABP2在LO2正常肝細胞株及HUH7、HepG2、LM3、97L和Hep2.215等多種HCC細胞株中的mRNA表達水平。對比LO2細胞發(fā)現(xiàn)，97L和Hep2.215細胞株中NABP2的mRNA表達顯著上調(diào)。為進一步驗證，利用HPA數(shù)據(jù)庫分析其蛋白表達水平，并通過免疫組化技術(shù)觀察到，NABP2蛋白在HCC組織中的表達顯著高于正常肝細胞，與mRNA水平檢測結(jié)果一致。這些數(shù)據(jù)表明，NABP2在HCC細胞中的表達顯著高于正常肝細胞。
　　（二）人肝組織中NABP2的高表達
　　為進一步探究NABP2在人體各組織中的表達特征，我們利用GTEx數(shù)據(jù)庫分析。在該數(shù)據(jù)庫中，紅色代表高表達水平，而黑色則代表低表達水平。結(jié)果顯示，NABP2 mRNA在大多數(shù)正常組織中均呈現(xiàn)高表達狀態(tài)。然而，值得注意的是，在肝臟組織中，NABP2的表達水平相對較低，且在不同性別（女性和男性）的肝臟組織中并未觀察到顯著差異。
　　（三）NABP2表達水平與HCC患者臨床病理特征的相關(guān)性研究
　　接下來，我們利用TCGA和ICGC數(shù)據(jù)庫評估NABP2mRNA表達與HCC患者臨床病理特征的相關(guān)性。我們發(fā)現(xiàn)NABP2高表達與高分期、高存活、高組織學(xué)相關(guān)_在TCGA數(shù)據(jù)庫中，grade和White (p=0.004, p=0.004, p=7.699e-06和p=0.007）。與這些結(jié)果一致，在ICGC數(shù)據(jù)庫中，高NABP2與存活、高惡性和分期（p=7.349e-04,7.524e-04和0.007）相關(guān)。
　　（四）NABP2與免疫特征的相關(guān)性
　　我們利用TCGA數(shù)據(jù)庫對NABP2表達水平與浸潤免疫細胞的相關(guān)性進行了初步分析。隨后，為驗證這一發(fā)現(xiàn)，我們采用R軟件在GE-PIA數(shù)據(jù)庫中進行了進一步驗證。NABP2在HCC中的表達水平與多種免疫細胞標記基因的表達顯著相關(guān)，包括Th2（STAT6、STAT5A）、Th1（STAT4）、T細胞（general）（CD2）、T細胞衰竭（CTLA4和LAG3）、CD8+ T細胞（CD8B和CD8A）、自然殺傷細胞（KIR2DL4）等標記基因的表達顯著相關(guān)，提示NABP2與HCC中免疫細胞的浸潤有關(guān)。
　　四、討論
　　HCC高死亡率，其發(fā)病率和相關(guān)死亡給全球健康帶來沉重負擔(dān)。研究表明免疫浸潤影響HCC患者預(yù)后和治療，需發(fā)現(xiàn)新免疫相關(guān)治療靶點。本研究首次報道NABP2在HCC患者中的表達、與臨床病理特征的相關(guān)性及與免疫浸潤的潛在關(guān)系。研究發(fā)現(xiàn)，NABP2在HCC中過表達，且與患者臨床病理特征相關(guān)，高表達NABP2或成潛在預(yù)后指標。其表達水平還與Th細胞標記基因相關(guān)，是腫瘤免疫狀態(tài)潛在生物標志物，可預(yù)測免疫治療效果。不過，還需大規(guī)模轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組研究及功能研究。

文章來源：《安徽科技報》 http://www.12-baidu.cn/w/qt/35317.html